單細胞研究的自我超越 – 10x Chromium 單細胞次世代定序系統更新

上週的專欄文章中，威健簡介了10x Genomics 的技術核心和應用特點。然而也就於上個月剛結束 (Feb. 13-17, 2017) 的基因組領域年度盛事第17屆 AGBT (Annual Advances in Genome Biology and Technology) 之中，10x Genomics 宣布推出新一版的單細胞應用方案，能更加簡化分析流程與視覺呈現 Chromium™ 單細胞 RNA 定序實驗的結果 (scRNA-seq)，其中包括新增  Loupe™ 視覺化界面及更新版的 Cell Ranger™ 完整分析流程，讓使用者完美串接定序結果並能輕鬆進行後續資訊處理與資料探勘。

10x Genomics 軟體設備部門副總裁 Alexander Wong 表示：“單細胞 RNA 定量技術的進步，使得單一細胞內基因表現動態變化的綜合研究成為可能，但要進一步提昇分析細胞數量或者合併不同批次的研究題材，一直是軟體分析上的瓶頸。我們發表新的 Cell Ranger™ 完整分析流程，未來將可實現讓單細胞基因表現分析具有擴充性，並更容易由樣品端獲取富有意義的研究成果。”

Alexander Wong

Vice President, Software and Infrastructure

其中，Loupe™ Cell Browser 是一個易於使用、互動式的視覺化界面，可彙整分析結果來觀察細胞的基因表現狀況。在瀏覽界面下，研究人員能輕鬆辨識不同的細胞次分群，篩選或選定重要的基因，並輸出結果做進一步的分析和數據共享。

而 Cell Ranger™ 是一模組化分析流程，它能夠將細胞基因表現和各自細胞的 10x Barcode 分子標記彙整組合，一次性快速產生多達數千到數萬個細胞的基因表現狀況，並能夠輸出單個或多個樣品的 Loupe™ Cell Browser 檔案。 Cell Ranger™ 此次的更新大幅提升表現趨勢及聚合出細胞分群狀況，能在單細胞實驗中鑑定和解析更多的細胞次分群。新版本更針對計算性能進行最佳化，以便能夠分析超過一百萬個細胞的大規模實驗規劃。


如對於 10X Genomics 在單細胞領域的應用想了解更多，可直接到官網瀏覽相關資料庫。

https://support.10xgenomics.com/single-cell/software/downloads/latest

https://support.10xgenomics.com/single-cell/datasets/1M_neurons