SureSelect 臨床自動化外顯子系統專題報導

2001 年人類基因體的發表，帶來了基因分析技術的快速發展。自前期的 microarray 到 2005 年問世的 NGS，每一次進步都大幅降低成本，同時也擴展了基因分析的實用性，逐漸讓基因醫學變得可能。Agilent Technologies 自 1999 年開始為基因研究提供晶片完整方案，隨著 NGS 問世，Agilent Technologies 也思考著如何運用 NGS 讓基因分析有更寬廣的發展，並能推動個人化基因醫學應用。2009 年 2 月，Agilent 與 Broad Institute 於 Nature Biotechnology 期刊，發表了革命性的 Solution Hybrid Selection 基因捕抓法，並隨之推出世上第一組 Human Whole Exon Sequencing ( WES, 人類全外顯子定序 ) — SureSelect Human All Exon Kit 產品，得以使 NGS 集中鑑定 1% 基因體佔比的蛋白質外顯子區，讓所有蛋白質編碼得以完整解析，更具經濟效益地偵測突變，加速尋找影響人類健康的致病變異，在這些龐大的資料與研究結果的奠基下，因應不同目標，Agilent 接續開發、整合各種分析方案，符合研究到臨床的多樣需求，例如：

1. 標準全外顯子：

掃描人類全部的外顯子 CDS 區域，於 10-200 ng 的微量 DNA 中找出蛋白質編碼變異點。

2. 遺傳疾病全外顯子：

除了標準 CDS 區域外，另將遺傳致病的 Non-Coding 突變區段一併納入設計。

3. 癌症外顯子：

加強偵測多種癌症突變類型 ( SNV、CNV、Fusion / Translocation )，以 ~1% VAF 解析力尋找躲在正常 DNA 中的癌細胞訊號，利於臨床應用。

4. 跨平台、超高敏感度、客製化應用：

針對目標基因加以客製設計，用於不同定序系統中。並利用 MBC / UMI 達到 ~0.1% 的偵測力。

為配合各種實際使用需要，在技術層面上，SureSelect 亦不斷精進升級，幫助實驗準確率增加、檢測靈敏度提升、樣品需求量減少等…，由於使用 probe capture 策略建庫，克服 PCR 法對於某些區域存在 preferential amplification 的弱點，使定序結果能獲得較高的序列複雜度 ( sequencing complexity ) 與較均勻的覆蓋度 ( coverage uniformity )。此時，SureSelect 趨於成熟的建庫技術結合高通量定序平台，並搭配癌症、遺傳疾病 assay 使用，逐漸讓 NGS 基因分析的目標移向臨床領域，兼顧高通量、便宜、有效定序目標區域的臨床需求。

在精準醫學概念的浪潮下，基於個人基因所進行個別化醫療，將引領治療策略更有效率地落實並改善人類健康，為此，Agilent 再度加入自動化處理樣品系統 — Magnis ( 2019年 )，搭配臨床等級核酸 QC 系統 — TapeStation，更加完整了旗下提供的 NGS 解決平台，確認樣品標準、保持定序品質，使臨床處理作業更省時、省力、省錢，並且低失誤，幫助 NGS 在臨床領域的普及化與實用化。