全外顯子定序 ( WES ) 是目前臨床研究測量 TMB 的方法,面對不同癌症 panel,其內容、基因覆蓋率都是影響 TMB 值標準不一致的因素之一。為使 TMB 成為臨床環境有效、一致的參考依據,2021年,美國 FDA - Friends of Cancer Research TMB Harmonization Project 使用 SureSelect V6+COSMIC 為基準,進行相關評估:
一、測試方法
11個不同單位的 Cancer Panel ( Table1 ) 的 TMB 檢測數值,與 SureSelect V6+COSMIC 標準 TMB 數值進行比對 ( Figure1,Agilent SureSelect V6+COSMIC ),藉此評估各家 Panel 涵蓋是否足夠計算 TMB 數值,以及不同演算法的一致度,逐步讓各家 Cancer Panel 的 TMB 數值成為統一語言。
Table1. Description of the 11 participating diagnostic NGS panels |
二、實證成果
1. 統一 TMB 應為每一兆鹼基中含有的突變數目 ( mut/Mb ) 報告之。
1. 統一 TMB 應為每一兆鹼基中含有的突變數目 ( mut/Mb ) 報告之。
不同 WES 系統的基因組大小可能不同,將 WES 的 TMB 值定為體細胞突變數量,而 panel 的 TMB 值定為每 Mb 基因組區域的體細胞突變密度 ( mut/Mb ),排除來自每個 panel 偵測基因範圍大小不同的變因。
2. 計算 TMB 驗證研究應標準化,包括對分析準確性 ( accuracy )、精密度 ( precision ) 和靈敏度 ( sensitivity ) 的評估。
2. 計算 TMB 驗證研究應標準化,包括對分析準確性 ( accuracy )、精密度 ( precision ) 和靈敏度 ( sensitivity ) 的評估。
由於每個 panel 檢測的基因內容、分析技術的敏感性、分析規格都有所不同也難以被調整、標準化,因此參考 FDA 建議驗證準則 ( Table2 ),直接對 TMB 數值偵測進行嚴格處理計算,確保其可靠性。
3. 各 TMB 應與 WES 為參考比對,確保 panel 檢測的一致性。
3. 各 TMB 應與 WES 為參考比對,確保 panel 檢測的一致性。
WES TMB 比對是目前公認確認 TMB 準確性的方法,建議其 TMB 落在 0-40 mut/Mb 範圍中,即為一個可校準 panel TMB 值的參考標準。
NGS 基因檢測的臨床應用越來越多,需採用一個約定的標準,方便醫療行為、臨床研究上的互相溝通,讓檢測結果具有更明確而直接的參考含意,FDA 使用 SureSelect WES 定義 TMB 的基準,穩定、完整的結果,支持 SureSelect WES 是一個合適臨床進行標準化驗證的系統 / 平台。
【參考資料】
1. https://precision.fda.gov/challenges/17
2. https://precision.fda.gov/challenges/18
3. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32217756/
4. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34606929/
【參考資料】
1. https://precision.fda.gov/challenges/17
2. https://precision.fda.gov/challenges/18
3. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32217756/
4. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34606929/
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