Agilent SureSelect 應用與發展 ( 2 ) Overview — 自動化系統平台

隨著次世代定序 ( NGS ) 技術的成熟，基因分析需求也臨床化，要從研究實驗的型態，轉變為大量、快速、正確的運作。SureSelect 除了提供各種臨床化應用試劑外 ( SureSelect 試劑應用發展詳情請參考 — SureSelect 臨床自動化外顯子系統 專題報導 )，也為整個實驗體系建構自動化儀器平台。從 10 年前的一個捕抓技術為起點，拓展成串接臨床樣品 QC、自動文庫建立、臨床數據分析的一套自動化臨床 NGS 處理平台，並與三大主要定序系統 ( illumina, Thermo, MGI 等 ) 有所搭配，為基因醫學時代打造了 NGS 整合解決方案 ( 圖一 )。

【圖一】Agilent NGS 解決方案

NGS 是一個時間長、高成本的實驗，在臨床快速、正確的要求下，更需注意每一步的把關，在大量經濟運行下避免可能的臨床糾紛。Agilent NGS 解決方案，是唯一一套與國家級臨床系統合作，提供第一步臨床核酸樣品把關的系統，而且在後續文庫建立時，也為不同的樣品品質設定對應的把關條件，確保樣品至數據產出的正確與穩定。相關環節儀器有：

1. 樣品品質控管：

面對臨床樣品的品質挑戰，Agilent TapeStation System 可檢測各種類型核酸完整度、純度，自動計算樣品狀況 ( 圖二 )，用以幫助後續建庫成功與取得可靠數據。日本病理學會、Guardant360 CDx 均使用 TapeStation 作為臨床檢測 QC 工具。

【圖二】TapeStation 的核酸品質指標 ( DNA：DIN；cfDNA：cfDNA%；RNA：RIN^e / DV₂₀₀ )

2. 捕抓設計最佳化：

Agilent SureSelect 技術提供癌症、遺傳、研究各式捕抓方案，從制式到客製化目標設計，大幅提升實驗準確率、檢測靈敏度。( 詳情可參考 SureSelect 臨床自動化外顯子系統 專題報導 )

 

3. 自動設備支援：

自動處理樣品幫助實驗人為誤差降到最低，並且滿足實驗室大量例行性操作的需求，降低研究成本、時間與人力花費，有效取得有意義的數據。配合不同目標的使用者，Agilent 提供的兩套自動 NGS 建庫系統 ( 表一、表二 )，包含：

【表一】Agilent 自動樣品處理系統

【表二】SureSelect 搭配 Magnis、Bravo 自動化系統的特性 — Magnis 樣品處理 TAT 短，而 Bravo 處理通量高。

4. 數據整合分析：

Agilent 的 Alissa Interpret 提供全整標準化的基因分析判讀流程，獲得 USA Class I Exempt Medical Device, Europe CE IVD, Canada 與 Australia Class I IVD Device 認證。

經過 10 年的努力，SureSelect 由一個研究技術，蛻變成高度整合的臨床系統。Agilent 亦步亦趨建立了一個穩定、高效、信賴的整合 NGS 平台，每個環節皆有臨床指引 / 認證支持。精準醫學的需求日漸增加時代，SureSelect 平台涵蓋了癌症、遺傳、罕見疾病等檢測，前後串接臨床級 QC 及自動文庫系統，是您唯一的臨床外顯子系統選擇。

【圖三】Agilent 臨床 NGS 平台